Aphrodisias kentinin en önemli yapısı kuşkusuz Aphrodithe tapınağıdır. Tapınağın ilk yapımı Arkaik devirde gerçekleştirilmiştir. Kentlerinin Medler ve Babiller tarafından yıkılışından sonra Ninova’dan gelen Asurlular, bu gözden uzak yöreye Asur’un aşk ve güzellik tanrıçası İştar’ın kültünü de beraberinden getirdiler. Afrodisias‘da yapılan kazılarda ortaya çıkan bir kabartma üzerinde yer alan Asur kralı Ninos ve karısı Semiramis‘in betimleri de bu tezi doğrulamaktadır. İşte Aphrodithe kültünün temeli de bu mezopotamya kültürüdür. Heykel okulunun yanında, heybetli mavi gökyüzüne tırmanan on dört sütunu hala ayakta olan yapı, kentin kalbinin attığı yer olan Aphrodithe tapınağıdır. Anadolu’ya özgü İon tarzında yapılmış olan tapınakta, yapıyı çepeçevre saran kısa taraflarda sekiz, uzun taraflarda da on üçer sütun dizisi, olağan uzaklığın iki katı bir açıklıkla iç duvarlara ulaşmakta, böylece iki sütun dizisi ile çevrili izlenimi yaratmaktadır (Puseudo Dipteros tarzı). İ.Ö. 1. yüzyılda Zoilos tarafından yapımı başlatılan tapınak, İ.S. 130 yıllarında tam olarak bitirilmiştir. İmparator Hadrian devrinde yapının etrafını çeviren kutsal duvarları eklenerek yapıya son şekli verilmiştir. Bu kutsal alana, doğu yönde yer alan anıtsal bir giriş binasından geçilerek giriliyordu. Tapınağın içerisinde yer alan ve salt rahiplerin girebildikleri Sella denilen odada Tanrıça Aphrodithe’nin kült heykeli durmaktaydı. Aphrodithe tapınağı paganların (çok tanrılı dine inananlar) hac yerlerinden biriydi ve kendisine sığınanı korumak gibi bir özellik taşımaktaydı. Bir söylentiye göre de tapınakta salt erkek rahipler çalışıyordu. Kuzey bölgede yerleşmiş eski zamanların Aphrodithe Tapınağı şehir merkezini ve çekirdeğini oluşturur. Eski tapınağın bütün bu kalıntıları 40 kolonun 14’ünü içermekte ve bu kolonlar bir kere O’nun etrafınıkuşatmaktadır. İbadet yeri tapınağın ilk zamanlarından kalmış olmasına rağmen bugün M.Ö. 1.yy da başladığını görüyoruz ve Augustus bölgesi doğrultusunda tamamlandığı düşünülüyor. Bazı kolonları üzerine yaptıran kişilerin isimleri verilmiştir. Bazı mozaik yapıların Helenistik zamana ait tapınaklarda da bulunması buranın eski bir tapınak olduğunu gösterir. Aynı zamanda Cella’nın duvarlarının içerdiği heykeller uzaklaştırıldı ve kolonları dışa hareketleri ile yapı genişledi. Duvarlar arttırıldı. Doğu ve batı taraflarına apse yapıldı. Cella’da tapınma heykeli bulunmadı ama bütün özellikleriyle dışarıya taşınmış bir şekilde bulundu. Müzede yeni sergilenenler katılaşmış bir şekilde gösterilmekte ve Efes’in Artemis’ine benzemektedir.

Tanrıça kolunun biri ileri doğru olacak şekilde uzun elbise giyer. Elbisenin şeridi üzerinde çok ilginç oyma kabartmalar bulunur. Güneş ve ay tanrıçaları 3 şükran duası Afrodit ile ortada, Afrodit ve 3 “Cupid” balık kuyruğuna sahip keçi üstünde oturuyor, bunlar tapınma için yapılmış putların çeşitli kopyaları üstündeki her şey birer sembol olarak karşımıza çıkıyor.

Tapınak İ.S. 5. yüzyılın sonunda, kentin Hıristiyanlaşmasıyla büyük bir kiliseye dönüştürülmüştür. Tapınağın kısa yanlardaki sütunları, uzun yanlara eklenerek ve sella kısmı ortadan kaldırılarak üç nefli bir plan yaratılmıştır. Etrafı duvarlarla çevrilen kiliseye, batıda narteks denilen giriş, doğuda dayarım yuvarlak apsis (mihrap) kısmı yapılmıştır. Apsisin içerisinde koronun konuşlandığı merdivenler bulunmaktadır. Yarım yuvarlak apsisteki eğri tonozun içerisinde, bazı duvar resimleri vardır. Cebrail ve Mikhail meleklerinin arasındaki, İsa ve Meryem betimleri merkezde yer almaktadır. Bunların dışında en az on altı tane daha resim vardır. Kilise zamanında kilisenin içi ve bahçe kısmına mezarlar yapılmıştır. Bu esnada yapılan kazılarda, arkeologlar için çok öenmli olan bazı tabakalar zarar görmüştür.

Kilise 11.yüzyıla dek kullanılmıştır. 1156 yılında Aphrodisias’ı gezen Efes’deki Saint John kilisesinin Piskoposu George Tornikes kiliseyi şöyle anlatmaktadır:

“Bölgeyi etkileyen depremden sonra terk edilen kilisede artık sadece baykuşlar ötmektedir.”